La chiesa, situata ai piedi del Sacro Monte di Varallo, con relativo convento francescano, è strettamente legata alla storia del Sacro Monte stesso e al volere di frate Bernardino Caìmi, che la fa edificare tra il 1487 e il 1501. L’edificio, secondo il modello francescano, è a navata unica, con copertura lignea a vista. Vi si trova un eccezionale ciclo di affreschi della “Vita e Passione di Cristo”, sulla parete divisoria tra l’abside e il presbiterio, realizzato fra il 1512 e il 1513 da Gaudenzio Ferrari e composto da 21 riquadri tra i quali spicca al centro, di maggiori dimensioni, la “Crocefissione”. Santa Maria delle Grazie viene affiancata nel 1486 da Santa Maria Immacolata, una seconda chiesa idealmente collegata alla prima da un grande arco. Un tempo pertinenza dei Frati Francescani Minori, il complesso è oggi affidato alle Suore Missionarie di Gesù Eterno Sacerdote.