La prima sezione racconta la storia dei valdesi a partire dalle origini (1174) ai giorni nostri attraverso un percorso articolato e interattivo. Nella seconda sezione, a carattere etnografico, sono ricostruiti gli ambienti della casa, della scuola e del lavoro ed è raffigurato il ciclo di vita nelle Valli valdesi tra Sette e Ottocento con arredi ed oggetti originali. Negli anni il Museo valdese ha accresciuto di molto il suo patrimonio materiale e immateriale e condivide progetti culturali con Enti sia in Italia sia all’estero.
Oggi sono molte le attività di promozione della cultura protestante organizzate dalla Fondazione Centro culturale valdese in cui il Museo è inserito, che accoglie anche i visitatori del Sistema Museale Eco- Storico delle Valli Valdesi di cui il Museo valdese è capofila.
Al Museo sono collegate mostre temporanee dedicate alla storia valdese, al territorio delle Valli valdesi e al protestantesimo italiano ed europeo.